Conçu comme un centre de documentation archéologique sur le commerce antique, le Musée des Docks évoque l'activité portuaire de Marseille entre le VIe siècle av. J.-C. et le IVe ap. J.-C. Le musée abrite également le fruit des recherches archéologiques sous marines, en présentant plusieurs objets issus d'épaves de navires ayant sombrés au large des côtes marseillaises.