La visite débute devant un immense tableau représentant le port de Dunkerque en 1900. Il sert de fil conducteur tout au long du parcours au sein du musée. La première activité évoquée est celle des Chantiers de France : des maquettes de voilier en bois, de navire en acier et de cargo à vapeur montrent l'évolution de la construction navale. La deuxième séquence est consacrée à la pêche côtière (panier à rafler le hareng), à la chasse à la baleine, à la "pêche à Islande" (goélette). Ensuite est présentée la vie sur le port et les nombreux métiers qui s'y rapportent : dragage, pilotage, remorquage, lamanage, réparation navale, manutention (maquette de la première grue datant de 1786) et outils utilisés par les dockers (crocs à décoller, pattes à tube, bascules...). Au 1er étage, les fonctions administratives. La visite s'achève sur un thème historique : la guerre de course.