La présentation des collections (peinture, mobilier, arts décoratifs, sculpture, céramique et dentelle) s'appuie sur l'histoire de cette maison de collectionneur. Le rez-de-chaussée est consacré à l'évocation du musée ancien, aux dommages subis par les objets pendant la Première Guerre mondiale et à la reconstitution de la collection. Le premier étage est réservé aux oeuvres dont il est avéré qu'elles ont appartenu à Benoît De Puydt. Conformément au projet de 1934, une salle est ouverte au second étage pour l'exposition de quelques unes des oeuvres de Pharaon de Winter.